Un nuovo studio pubblicato su Nature suggerisce che alcuni batteri intestinali oggi rari o assenti nelle società industrializzate abbiano viaggiato con gli esseri umani durante le grandi migrazioni preistoriche. Il risultato non dimostra che basti “recuperare” quei microbi per migliorare la salute, ma indica che una parte del microbioma umano ha una storia evolutiva molto più lunga e intrecciata con la nostra specie di quanto fosse facile ricostruire finora.
La ricerca confronta popolazioni contemporanee con stili di vita non industrializzati, in particolare Hadza della Tanzania e Tsimane della Bolivia, per capire se alcune specie microbiche condivise conservino tracce compatibili con le antiche migrazioni umane. È una finestra sulla storia biologica dell’intestino, non una classifica tra microbiomi “migliori” o “peggiori”.

Che cosa ha scoperto lo studio sul microbioma antico
Il punto centrale è questo: molte specie microbiche condivise tra Hadza e Tsimane mostrano relazioni genetiche coerenti con separazioni molto antiche, compatibili con il percorso delle popolazioni umane fuori dall’Africa e poi verso le Americhe. In altre parole, alcuni batteri sembrano aver accompagnato i gruppi umani per migliaia di anni, invece di essere stati acquisiti di recente in modo indipendente.
Gli autori hanno analizzato centinaia di specie condivise e hanno cercato segnali di divergenza e flusso genetico. Il quadro che emerge è quello di un microbioma che non cambia solo in base alla dieta del giorno o all’ambiente recente, ma conserva anche tracce profonde di co-migrazione con l’ospite umano.
Che cosa sono i batteri VANISH
Lo studio si inserisce nel filone dei cosiddetti microbi VANISH, cioè specie comuni in molte popolazioni non industrializzate ma rare, ridotte o non rilevate nelle popolazioni industrializzate. L’acronimo viene usato per indicare microbi che sembrano “sparire” con urbanizzazione, igiene moderna, uso di antibiotici, cambiamenti alimentari e trasformazioni dello stile di vita.
Questa perdita non va letta in modo romantico o automatico. Non significa che ogni batterio raro nelle società industrializzate sia benefico, né che ogni cambiamento moderno sia negativo. Significa però che una parte della biodiversità microbica con cui Homo sapiens ha convissuto a lungo potrebbe essersi ridotta molto rapidamente negli ultimi secoli.
Perché Hadza e Tsimane sono importanti in questa ricerca
Hadza e Tsimane vivono in contesti geografici molto distanti e hanno storie demografiche separate. Proprio per questo sono utili per distinguere somiglianze superficiali da segnali evolutivi più profondi. Se due popolazioni lontane condividono ceppi microbici con differenze genetiche compatibili con una separazione antica, diventa possibile ipotizzare che quei microbi fossero già presenti prima della divergenza dei gruppi umani.
La cautela è fondamentale: parliamo di popolazioni contemporanee, non di campioni fossili diretti. I dati non fotografano il microbioma dei nostri antenati in modo perfetto. Permettono però di usare il DNA microbico attuale come una traccia indiretta, un po’ come accade negli studi di genetica delle popolazioni umane.
Che cosa cambia per la salute
La parte più delicata riguarda le implicazioni mediche. La perdita di diversità microbica nelle popolazioni industrializzate è stata associata in diversi studi a malattie metaboliche, infiammatorie e immunitarie. Tuttavia, un’associazione non basta a dimostrare causa ed effetto.
Dire che un batterio è “ancestrale” non significa che debba essere reinserito nel microbioma di tutti. Per arrivare a un intervento clinico servirebbe capire che cosa fa quel microrganismo, con quali altri microbi interagisce, in quale dieta vive, quale sistema immunitario incontra e con quali rischi.
Su iCrewPlay Tech abbiamo già raccontato come il microbioma possa produrre metaboliti attivi anche nei tumori e come zuccheri e antibiotici possano alterare il microbioma intestinale in contesti clinici specifici. Questo nuovo studio aggiunge il livello evolutivo: non solo quali microbi ci sono, ma da quanto tempo alcune relazioni potrebbero accompagnarci.
Perché non è una prova per probiotici “ancestrali”
Il rischio di semplificazione è alto. Un batterio che in un certo contesto ecologico contribuisce a una funzione utile potrebbe comportarsi diversamente in un organismo, una dieta e un ambiente completamente diversi. Anche la sicurezza conta: introdurre microrganismi vivi non è un gesto neutro, soprattutto in persone fragili o immunocompromesse.
Per questo lo studio non autorizza scorciatoie commerciali. Non esiste, sulla base di questi dati, un probiotico capace di “ripristinare il microbioma antico” in modo validato. La direzione più solida è la ricerca: isolare funzioni, capire metaboliti e interazioni, poi valutare eventuali applicazioni con studi controllati.
Il limite più importante dello studio
Il lavoro usa dati genetici moderni per ricostruire una storia antica. È un approccio potente, ma indiretto. Le stime di divergenza dei microbi dipendono da modelli evolutivi, campionamento, qualità dei genomi e ipotesi sui tassi di cambiamento. Inoltre, le popolazioni studiate non rappresentano automaticamente tutte le società non industrializzate né tutti i percorsi migratori umani.
Il messaggio corretto, quindi, non è “abbiamo trovato il microbioma originale dell’uomo”. È più preciso dire che alcune specie microbiche oggi rare nelle società industrializzate mostrano segnali compatibili con una lunga co-storia con le migrazioni umane.
Perché questa scoperta è utile
Capire quali microbi siano antichi compagni dell’essere umano aiuta a distinguere tra variazioni recenti e relazioni biologiche più stabili. Può orientare nuovi studi su metabolismo, immunità, digestione delle fibre e risposta infiammatoria. Può anche rendere più inclusiva la ricerca sul microbioma, spesso concentrata su popolazioni urbane e industrializzate.
La fonte primaria è lo studio Prehistoric global migration of vanishing gut microbes with humans, pubblicato su Nature nel 2026. Un commento di accompagnamento su Nature, Gut microbes that trace ancient human journeys, inquadra i risultati nel contesto della storia evolutiva del microbioma.




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