Centinai di specie del microbioma intestinale potrebbero aver accompagnato le migrazioni umane per decine di migliaia di anni, passando tra generazioni mentre le popolazioni si spostavano nel mondo. Un nuovo studio mostra però che molti di questi microrganismi sono oggi rari o assenti nelle popolazioni industrializzate. La conseguenza per la salute non è ancora chiara.
La ricerca, pubblicata su Nature il 7 ottobre 2026, ha confrontato in profondità i microbiomi dei Tsimane della Bolivia e degli Hadza della Tanzania. Le due popolazioni sono geograficamente molto lontane e i loro antenati si sono separati migliaia di anni fa: proprio questa distanza permette di cercare tracce di una storia microbica molto antica.
Più di 1.200 specie condivise tra Bolivia e Tanzania
Gli autori hanno eseguito sequenziamento metagenomico profondo su campioni dei Tsimane e li hanno confrontati con dati equivalenti degli Hadza. Nei Tsimane sono state ricostruite 1.408 specie batteriche e archeali; 1.231 erano presenti anche negli Hadza.
Il dato più sorprendente riguarda la loro distribuzione: circa il 60% delle specie condivise risultava raro o assente nei microbiomi fecali delle popolazioni industrializzate considerate nel confronto.
Come si capisce se un batterio ha viaggiato con noi
Condividere una specie non basta a dimostrare una storia comune: lo stesso microrganismo potrebbe essere stato acquisito più recentemente dall’ambiente o attraverso contatti tra popolazioni. Per questo i ricercatori sono scesi al livello dei ceppi e hanno confrontato le differenze genetiche accumulate nel tempo.
Su 636 specie con dati sufficienti, i pattern di divergenza, ricombinazione e flusso genico sono risultati compatibili con una separazione antica. Per molte specie, le stime temporali si allineano in modo approssimativo alle grandi migrazioni umane fuori dall’Africa e verso le Americhe.
Un microbioma ereditato attraverso le generazioni
Lo studio non dice che ogni persona possieda oggi gli stessi batteri dei propri antenati. Mostra piuttosto che alcune linee microbiche sembrano essere rimaste associate alle popolazioni umane per periodi lunghissimi, trasmettendosi e diversificandosi insieme alla nostra storia.
Le stime basate sul trasferimento di segmenti genetici indicano, per il confronto Tsimane-Hadza, un isolamento mediano nell’ordine di 17.000 anni. Gli autori sottolineano le incertezze dell’orologio molecolare microbico, quindi il numero non va interpretato come una data esatta.
Perché molti di questi microbi stanno scomparendo
Le popolazioni industrializzate mostrano una perdita di diverse specie che risultano invece più comuni nei gruppi con stili di vita non industrializzati. Dieta, antibiotici, igiene, ambiente costruito, modalità di nascita e riduzione del contatto con ecosistemi naturali sono tra i fattori studiati nella trasformazione del microbioma moderno.
Il nuovo lavoro non stabilisce quale singolo fattore provochi la scomparsa né dimostra che tutte le specie perdute siano benefiche. Il punto è storico ed evolutivo: alcune di esse sembrano aver convissuto con l’uomo per millenni prima di diventare rare in una parte della popolazione mondiale.
Perdere questi batteri ci fa male?
È la domanda più importante e, per ora, non ha una risposta definitiva. La perdita di biodiversità microbica nelle società industrializzate è stata associata a diverse condizioni metaboliche e infiammatorie, ma associazione non significa causalità. Reintrodurre specie scomparse senza comprenderne funzioni e interazioni sarebbe prematuro.
Il tema si collega a ciò che sappiamo sul rapporto tra microbioma, metabolismo e cervello: la composizione intestinale cambia con lo stile di vita, ma trasformare queste osservazioni in terapie richiede meccanismi verificati e studi clinici.
Una nuova mappa della storia umana, scritta nei microbi
Il contributo più originale dello studio è metodologico. Invece di affidarsi soltanto a campioni antichi, difficili da conservare e relativamente recenti, i ricercatori hanno usato la diversità genetica dei microbi contemporanei per ricostruire separazioni avvenute molto tempo fa.
Il risultato suggerisce che una parte della nostra storia migratoria non è registrata soltanto nel DNA umano: potrebbe essere rimasta anche nei genomi dei microrganismi che vivono con noi. Capire quali funzioni abbiamo perso con l’industrializzazione sarà il passaggio successivo, ma lo studio invita a considerare il microbioma anche come patrimonio evolutivo, non soltanto come indicatore di salute.
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